Ponta dos Mangues - Foto: Cesar de Oliveira (Acervo Emsetur)

Antes mesmo da chegada definitiva em terras sergipanas dos portugueses, em 1590, acredita-se que os índios tupinambás já tinham, por aquelas bandas de Pacatuba, uma relação comercial com franceses. No início de 1600, já se tinha notícia de um forte aldeamento na confluência do Rio Poxim do Norte com o Betume.

Quem comandava aquele povoamento era o cacique Pacatuba. Quando Cristóvão de Barros invadiu Sergipe, cumprindo ordens do Governo da Bahia e de Felipe II da Espanha, que reinava em Portugal, deu-se uma matança generalizada. Todos os maiores recursos militares teriam sido usados. Cristóvão venceu os poderosos caciques Baepeba, Serigy e Siriry.

Para a maioria dos historiadores, antes que as colunas de Cristóvão de Barros chegassem à região do São Francisco, os caciques Japaratuba e seu irmão Pacatuba acabaram se entregando aos portugueses e pedindo paz. Mas outros estudiosos discordam e acreditam que Cristóvão encontrou resistência sim, e venceu por conta da força militar.
Depois da Conquista Portuguesa.

As terras da aldeia de Pacatuba foram anexadas à sesmaria de Pedro de Abreu Lima. Por volta de 1640, padres Jesuítas começam a levantar uma capela no aldeamento. Mas, em 1732, por ordem do Marquês de Pombal, os jesuítas foram expulsos e a missão religiosa, com todas suas terras em Pacatuba, foi entregue aos padres Capuchinhos. Em 1810, eles terminaram a construção da capela do povoado, e a dedicaram a São Félix de Cantalício.

Por causa das férteis terras para a cana-de-açúcar, o povoamento crescia rápido. Existem documentos que afirmam que em 1808 já existiam por lá cerca de setecentos índios. O resultado é que, em 6 de fevereiro de 1835, uma lei provincial criou a Freguesia de São Félix da Pacatuba. O atual município de Japoatã estava incluído aí. Menos de trinta anos depois, a 13 de maio de 1864, a freguesia passava à vila. Mas a independência de Pacatuba só aconteceu na prática em 2 de maio de 1874, isto é, dez anos depois, quando se libertou do município de Vila Nova, que hoje é Neópolis.

Em 23 de novembro de 1910, os pacatubenses foram surpreendidos com a criação do município de Jaboatão, hoje Japoatã, localizado na antiga missão jesuítica de Riacho do Meio. A reação em Pacatuba foi forte. População e autoridades não encontravam motivos para a perda daquele território. Várias representações foram feitas ao comando de Sergipe. A pressão foi tanta que o novo município de Jaboatão não chegou .