Amanhecer com geada - Foto: Leandro Sparremberg

A agradável cidade de São João dos Ausentes, juntamente com São Joaquim e Urupema (ambos no estado de vizinho de Santa Catarina), é considerado com um dos mais frios do Brasil. Sua precipitação é constante ao longo do ano e seu verão é agradavelmente fresco ou morno e o inverno é relativamente frio. Segundo a classificação climática de Köppen-Geiger, o clima é Cfb, do tipo temperado oceânico.

Há momentos que mesmo no verão, podem ocorrer temperaturas mais baixas, sendo aconselhável sempre levar algum agasalho, ao visitar a cidade. A temperatura média anual de São José dos Ausentes é de cerca de 14 ºC.

O município abriga o pico mais alto do estado do Rio Grande do Sul denominado como  'Monte Negro'. Em sua base dele, se encontra o cânion de mesmo nome. A maior parte das atrações de São José dos Ausentes fica dentro das fazendas. As estradas são de terra estão sempre em bom estado de trafegabilidade.