Fazenda do ciclo do café - Foto: Eduardo P - (Licença-cc-by-sa-3.0)

Os primeiros habitantes conhecidos da região do atual município de Barra do Piraí foram os índios xumetos, pitas e araris, também chamados de coroados . Durante o ciclo do ouro em Minas Gerais e Goiás, no século XVIII, diversas trilhas de tropas de mulas cruzaram a região do atual município, levando ouro para o litoral e mantimentos para as minas.

O povoamento de origem portuguesa de Barra do Piraí teve início em terras de sesmarias doadas em 1761 e 1765 a Antônio Pinto de Miranda e Francisco Pernes Lisboa. Com área de uma légua em quadra, ficavam situadas nas margens direita e esquerda do rio Piraí, em sua confluência com o Paraíba do Sul. Os primeiros colonizadores foram membros das famílias Faro e Pereira da Silva. Grandes senhores de escravos, dedicaram-se à agricultura e, em pouco tempo, dominaram a região cafeeira, serra acima.

Em 1853, as primitivas sesmarias ficaram interligadas pela ponte que o comendador Gonçalves Morais mandara construir. Perto dela, levantou-se o Hotel Piraí e, mais tarde, novas edificações. A esse tempo, na margem oposta do Paraíba, os comendadores João Pereira da Silva e José Pereira de Faro, futuro barão do Rio Bonito, ergueram o pequeno povoado de Santana. O rápido desenvolvimento do lugar, onde se realizavam grandes transações comerciais, propiciou a inauguração de uma estação da Estrada de Ferro Central do Brasil a 7 de agosto de 1864. Em seguida, iniciou-se a construção dos ramais mineiro e paulista.

Barra do Piraí foi a primeira cidade emancipada no regime republicano. Sua emancipação deu-se em 10 de março de 1890 e seu emancipador foi José Pereira de Faro, o terceiro Barão do Rio Bonito.