Vista da Lagoa de Saquarema - Foto: Villarinho (Licença cc-by-sa-3.0)

Por volta do ano 1000, tribos indígenas de língua tupi provenientes das bacias dos rios Madeira e Xingu, na margem direita do rio Amazonas, ocuparam a maior parte do atual litoral brasileiro, expulsando os habitantes anteriores, falantes de línguas do tronco linguístico macro-jê, para o interior do continente. Quando os europeus chegaram à região de Saquarema, no século 16, esta estava ocupada pela nação tupi dos tamoios, também chamados tupinambás. Em 1530, dom João III, rei de Portugal, reconhecendo que o sistema de 'excursões' para guardar as costas do Brasil exigia grandes sacrifícios e não apresentava resultados satisfatórios, devido à falta de portos onde se pudesse atracar com as embarcações para prover a colônia de mantimentos e homens, resolveu fundar uma colônia nas margens do Rio da Prata.

Para isso, organizou uma frota com duas naus, um galeão e duas caravelas e uma tripulação de aproximadamente 400 pessoas e tendo, como comandante, Martim Afonso de Sousa, com poderes extraordinários concedidos por dom João III através de uma carta régia datada de 20 de novembro de 1530. Dentre tais poderes, destacava-se o de tomar posse e colocar marcos em todo o território até a linha demarcada. Saindo de Lisboa em 3 de dezembro de 1530, chegou à Baía de Todos-os-Santos em 13 de março de 1531, depois de ter se dividido. Uma parte da frota dirigiu-se ao norte. No dia 17 do mesmo mês, Martim Afonso de Sousa reiniciou a viagem indo em direção ao sul. Após contornar Cabo Frio, atracou em frente ao Morro de Saquarema (morro da Igreja de Nossa Senhora de Nazaré), no lugar onde hoje é a construção da Barra Franca.

Alguns tripulantes desembarcaram e foram entrar em contato com uma grande tribo de índios que obedeciam às ordens do chefe Sapuguaçu. Esses índios moravam em choças feitas de sapé ou tábua com uma porta em cada extremidade e sem repartimento no interior. Os tamoios eram ótimos canoeiros. Remavam de pé a um compasso certíssimo, com o que ficaram maravilhados os europeus. Assavam peixes sobre brasa, ou então sobre um gradeado de madeira, a que se dava o nome de 'mokaem' (moquém). Ao assado envolvido em folhas, chamavam 'pokeka', hoje chamado de moqueca.

À carne e ao peixe pilado e misturado com farinha, davam o nome de 'paçoka'. Sua bebida preferida era feita de suco de caju que eles chamavam de 'caium'. Tinham sempre guardada, na choça, a farinha de mandioca – 'carimã' e a usavam para fazer um bolo enroscado chamado 'ubeiju', de onde vem o nome do beiju. Gostavam da dança chamada de 'poroce' e, nela, utilizavam ornamentos feitos de plumas de garças ou araras que eram o capacete chamado de 'acangatara' e uma espécie de manto chamado de 'açayaba'. Tocavam instrumentos que eram a buzina chamada de 'mamby', o guarará chamado de 'ymbia' e tambores.

Por séculos, esses indígenas dominaram a parte litorânea onde hoje se localiza a sede do município de Saquarema e apelidaram a lagoa de 'socó-rema', que quer dizer 'bandos de socós' (ave pernalta abundante na lagoa naquela época) e, com a evolução da linguagem, passou a chamar-se saquarema. Os tamoios foram sempre aliados dos franceses e, por isso, foram exterminados pelo então governador do Rio de Janeiro, Antônio Salema.

O Rei Dom João III, buscando uma solução menos dispendiosa para o problema da colonização do Brasil, resolveu dividir o território em capitanias hereditárias. Foi devido à concretização desse desejo real, que as terras do atual município de Saquarema, passaram a pertencer a Martim Afonso de Sousa, por se encontrar dentro dos limites fixados para a Capitania de São Vicente a ele doada.Dado a extensão do território da capitania, muitos anos se passaram antes que as terras de Saquarema recebessem os benefícios da civilização. Só em 1594, os padres da Ordem do Carmo, por elas de interessaram, pleiteando e obtendo, em 5 de outubro desse ano a doação de algumas sesmarias localizadas na região.

No lugar hoje denominado Carmo, próximo a Ipitangas, iniciaram os religiosos, logo ao chegar, a construção de um convento que denominaram de Santo Alberto e do qual no presente, existe, apenas, como recordação, a imagem do seu padroeiro, venerado na exposição de imagens antigas em uma das salas do palácio do Bispo em Niterói.