Parque Nacional da Restinga de Jurubatiba- Foto: Halley Pacheco de Oliveira (licenca-cc-by-sa-3.0)

A região de Quissamã era dominada pelos índios Goitacazes na época do Descobrimento do Brasil. No primórdio da colonização portuguesa, suas terras fizeram parte da Capitania de São Tomé, mas a região de Quissamã não foi ocupada pelos portugueses. Como a capitania foi abandonada pelo seu donatário, sete capitães portugueses solicitaram as terras da região como pagamento pelos serviços militares por eles prestados nos combates contra os piratas franceses que infestavam o norte do Rio de Janeiro e nas guerras com os holandeses. O governador da capitania do Rio de Janeiro, Martim Correa de Sá, concedeu-lhes, em 9 de agosto de 1627, uma sesmaria que se estendia do rio Macaé e até o cabo de São Tomé e que incluía o território atual de Quissamã.

Os índios Goitacazes da região foram atacados em 1630 pelos índios tupinambás cristianizados da Aldeia de São Pedro e, em seguida, dizimados por expedições militares de portugueses do Espírito Santo (estado). A região ficou praticamente vazia, o que facilitou sua colonização posterior. A ocupação da região começou com o estabelecimento de fazendas de criação de gado bovino em caráter semi-nômade, utilizando mão-de-obra indígena. A carne do gado abatido era salgada e vendida no Rio de Janeiro. Miguel Aires Maldonado, o líder dos sete capitães, ergueu currais e começou a criar gado no sudeste da Lagoa Feia na região próxima da atual 'Barra do Furado'. A região, cercada pelo mar, lagoas, canais naturais e brejos, era considerada uma ilha.

As terras de Miguel Aires Maldonado foram herdadas pelo capitão José de Barcellos Machado que, em 1688, abriu nas suas terras um canal artificial ligando a Lagoa Feia e o mar, que ficou conhecido como canal do Furado (atualmente, corresponde, grosso modo, ao Canal das Flexas). O filho do capitão José de Barcellos Machado, capitão Luís de Barcelos Machado fundou, em julho de 1694, a capela de Nossa Senhora do Desterro na 'ilha' do Furado. Logo depois, o Bispo do Rio de Janeiro erigiu a capela em sede de uma Capelania Curada a qual deviam obediência todos os povos até o rio Macaé. Surgiu então a povoação mais antiga da região entre Quissamã e Macaé.