Amanhecer em Peito do Pombo - Foto: Bernardo Amaral (Licença cc-by-sa-3.0)

No ano de fundação de Cabo Frio (1615) tem início a conquista dos Goitacás do Norte, com um triste episódio. Os habitantes da nova vila exigem a destruição dos nativos da vizinhança e espalham em seus campos roupas de doentes de varíola, a fim de contaminá-los. A medida desumana não traz qualquer vantagem aos feitores. O índio continua arredio e, nas planícies de Campos, ainda se mostra 'intratável'. Só com a ameaça de pirataria na região surge o interesse no povoamento de Macaé. Durante o domínio da Espanha sobre Portugal, o então ministro espanhol em Londres, o estadista Gondomar, alertou o governo de Madri quando soube da pretensa invasão de aventureiros ingleses.

Sem recorrer à luta, o hábil diplomata conseguiu fazer com que os ingleses desistissem da investida. Mesmo assim, o governo espanhol tomou providências para defender a terra, ordenando ao governador-geral Gaspar de Souza que estabelecesse de cem a duzentos índios numa aldeia sobre o rio Macaé, defronte à Ilha de Santana, e que fundasse um povoamento semelhante sobre o rio Leripe (hoje Rio das Ostras), onde os inimigos cortavam as madeiras colorantes de Pau-brasil, principal mercadoria contrabandeada.

O filho de Araribóia, Amador Bueno, chefiou o povoado que corresponde hoje à cidade de Macaé. O outro núcleo primitivo se estabeleceu na Freguesia de Neves, onde o missionário Antonio Vaz Ferreira conseguiu catequizar os índios que campeavam às margens dos rios Macaé, Macabu e São Pedro. A colonização oficial, feita pelos jesuítas, só teve início em fins de 1630, quando eles começaram a erguer a Capela de Santana, um engenho e um colégio num lugar posteriormente conhecido como a Fazenda dos Jesuítas de Macaé. A dominação dos goitacás, e o possível acesso às suas planícies, foram conquistas obtidas pelo trabalho conjunto dos jesuítas João de Almeida, João Lobato e, principalmente, Estevão Gomes, capitão-mor de Cabo Frio. Rico senhor do Rio de Janeiro, Gomes conseguiu apaziguar os selvagens, por ter-lhes prestado ajuda na época da epidemia provocada pelos colonizadores.

Em 1695, um dos sucessores dos Sete Capitães, Luis de Barcelos de Machado, construiu a Capela de Nossa Senhora do Desterro, num lugar posteriormente conhecido como Freguesia do Furado e transferido em 1877 para os domínios do distrito de Quissamã. Apesar de todos esses esforços de colonização, até o fim do Século XVII, Macaé continuou desprotegida. Nas ilhas de Santana instalou-se um centro de piratas franceses que, em 1725, saqueavam todo o litoral. Roubavam embarcações e assaltavam os que traziam gados e mantimentos para a cidade do Rio de Janeiro.

Com a expulsão dos jesuítas, em 1795, por ordem do Marquês de Pombal, a localidade recebeu novos imigrantes vindos de Cabo Frio e de Campos para ocupar as terras já apaziguadas. O povoado progrediu, surgiram novas fazendas e engenhos. O desenvolvimento da região garantiu sua elevação à categoria de vila, com o nome de São João de Macaé em 29 de julho de 1813. Com o território desmembrado de Cabo Frio e Campos, Macaé torna-se município em 25 de janeiro de 1814. Passagem terrestre obrigatória entre o Rio de Janeiro e Campos, Macaé foi sede do registro criado pelos viscondes de Asseca, com a função de cobrar impostos e fiscalizar tudo o que saía da Paraíba do Sul, mantendo o território sob ferrenha opressão. Em 15 de abril de 1846, a lei provincial nº 364 eleva a Vila São João de Macaé à categoria de cidade.