Às margens do Guaporé há grandes áreas de preservação, como o Parque Estadual de Corumbiara, com 427 hectares, e o Parque Nacional Noel Kempff Mercado, na Bolívia, uma das maiores unidades de conservação das Américas, com 1,6 milhões de hectares. A fauna e a flora são das mais diversificadas do planeta.

O surgimento de São Francisco do Guaporé está ligado a história da BR 429, que liga o grande eixo norte-sul, BR 364 (São Paulo – Cuiabá - Porto Velho – Manaus, ao vale do Guaporé, na cidade de Costa Marques). O Assentamento político possibilitou um crescimento populacional no curto espaço de 10 anos e em decorrência, o início do processo de emancipação culminado pela vontade e esforço de seus habitantes, aliados ao poder político constituído. Assim, a Vila deixa sua condição de Distrito e transforma-se em Município de São Francisco do Guaporé em 27 de Dezembro de 1995, através da Lei Estadual nº.644, sancionada pelo então Governado do Estado de Rondônia Valdir Raupp de Matos, e com suas áreas desmembradas dos municípios de Costa Marques e Seringueiras.