Via terrestre

A partir da BR-101, na cidade de Teixeira de Freitas, toma-se a rodovia BA-290.
A cidade interliga-se aos municípios de Prado e Caravelas através da BA-001. A Empresa Expresso Brasileiro faz a linha Caravelas/Alcobaça/Teixeira de Freitas e vice-versa, e a linha Caravelas/Alcobaça/Prado/Itamarajú e vice-versa.
A empresa Águia Branca faz a linha para Salvador e Vitória e a empresa São Geraldo faz São Paulo, Rio de Janeiro e Belo Horizonte, com conexão em Teixeira de Freitas.

Via aérea

Por avião, o Aeroporto das Conchas, em Caravelas, a 22 km de Alcobaça, recebe vôos charters de São Paulo, das Linhas Aéreas Pantanal.
A empresa Pantanal Linhas Aéreas tem vôos São Paulo (SP) - Juiz de Fora (MG)- Mucuri (BA) às segundas, quartas e sextas-feiras, com retorno nos mesmos dias, passando também por Varginha (MG). De Mucuri, pegue um ônibus para seu destino na Costa das Baleias.

A empresa Abaeté Táxi Aéreo tem vôos Salvador (BA) - Teixeira de Freitas (BA) às segundas, quartas e sextas-feiras, com retorno nos mesmos dias. Em Teixeira de Freitas, pegue um ônibus para seu destino na Costa das Baleias.