A história do arraial fundado em 1845 por garimpeiros já em busca dos diamantes recém-descobertos da região é um reflexo das variações econômicas e políticas que essa atividade econômica impôs à Chapada Diamantina. Em pouco tempo as terras foram ocupadas por exploradores e comerciantes de diversos lugares do país, que em comum tinham a ambição do rápido enriquecimento.

Em 1856 a aglomeração ganhou o nome de Comercial Vila de Lençóis, em referência aos grandes comerciantes de pedras e mercadores, inclusive estrangeiros, que proliferavam na região. Como a circulação de dinheiro era muito grande em toda Chapada, enriqueceu também quem, atento às necessidades dos garimpeiros, soube vender a preços altos as mercadorias básicas, como alimentos (uma grande seca que começou em 1859 e durou três anos matou muitas pessoas de fome e evidencou a falta de infra-estrutura dos aglomerados).

Até cerca de 1871 a exploração das lavras diamantinas contribuiu para a construção de Lençóis. São desta fase as construções mais elaboradas da cidade, como a Capela de Nosso Senhor dos Passos, e nos saraus era comum usar diamantes para enfeitar as roupas dos participantes. Um consulado francês chegou a funcionar ali com a intenção de estreitar os laços comerciais entre a França e a região.

O esgotamento parcial dos solos da região e a concorrência de pedras encontradas no sul da África levou Lençóis a uma era de extrema pobreza e escassez de recursos. O comércio e o garimpo foram abandonados por seus exploradores. A plantação de café, e mais tarde, a extração do carbonato (de mesma composição do diamante, porém menos concentrado) ajudam a retormar em parte a economia da cidade.

A decadência da região evidenciou ainda mais os conflitos políticos encabeçados por coronéis e levados ao extremo pelos jagunços. Mais uma vez a lei do mais forte ditava os limites em toda a região, em conflitos que durante décadas resultaram em assassinatos, sequestros e até uma cinematográfica luta contra os membros da Coluna Prestes, em 1926.