Gruta Manoel do Ioiô - Foto: Jota Freitas - Setur-Ba (Licença-cc-by-sa-3.0)

A história de Iraquara começa a mais de 12 mil anos quando, por este sitio passaram muitos povos pré-históricos, nômades das mais variadas regiões, hoje conhecidas como Goiás, Pernambuco, Além São Francisco, Minas Gerais e outras tantas. Deixaram aqui a marca de suas presenças através de pinturas rupestres, fósseis e registros arqueológicos encontrados nas grutas e abrigos abundantes, originados pela formação calcária do subsolo.

Os colonizadores começaram a chegar à região na metade do século XIX, atraídos pelo diamante da região, formando garimpos que deram origem a muitos povoados, sendo que em Iraquara os principais são a antiga Parnaíba, hoje Iraporanga, a Vila do Riacho do Mel, Água de Rega, Canabrava e Estiva, hoje Afrânio Peixoto situada no município de Lençóis.

A exploração do ouro e do diamante fez surgir uma estrada que cortava a Chapada Diamantina no sentido norte/sul ligando Jacobina a Rio de Contas e passando pelos municípios de Iraquara e Seabra. Ela é conhecida como Estrada Real e está em via de ser tombada como patrimônio histórico. Estes caminhos eram utilizados pelos tropeiros que faziam o comércio da região e pelos 'boiadeiros', que transportavam o gado pela estrada que recebeu o nome de Estrada Boiadeira.

O caminho por onde passa a Estrada Boiadeira tinha paradas tradicionais como a Vila de Cochó do Malheiro em Seabra, Riacho do Mel, Estiva, Campo de São João e Iraporanga, que possuem um agrupamento de casas de valor histórico relevante, dignos de tombamento.

A descoberta de diamantes nestas paragens fez desenvolver estes povoados que hoje conservam a ambiência colonial, os costumes e hábitos de uma gente hospitaleira e amiga.
Outro fator que definiu a ocupação do homem colonizador no município de Iraquara foi a fertilidade do seu solo vermelho, e a ocorrência de água nos vales e cavernas da região. A descoberta de um poço com água abundante no leito do Riacho Água de Rega, por um tropeiro chamado Manoel Félix fez surgir um povoado, que posteriormente tornou-se a cidade de Iraquara.