Aeroporto de Cruzeiro do Sul - Foto: Agencia de Noticias do Acre (Licença-cc-by-2.0)

O município, cujo nome foi inspirado na Constelação 'Cruzeiro do Sul', surgiu da implementação do decreto de 12 de setembro de 1904, quando o Coronel do Exército Brasileiro Gregório Thaumaturgo de Azevedo instalou a sede provisória do município, em um local denominado 'Invencível', na foz do Rio Moa. Teve sua fundação oficializada em 28 de Setembro de 1904, quando a sede do Departamento do Alto Juruá foi transferida para Cruzeiro do Sul. A área escolhida chamava-se 'Centro Brasileiro' e foi adquirida do Sr. Antônio Marques de Menezes pelo governo da União. Era localizado à esquerda do barracão central da casa de farinha e de algumas barracas isoladas.

Em 17 de Novembro de 1903, o território do Acre, incorporado ao Brasil pelo Tratado de Petrópolis, foi dividido em três departamentos: Alto Juruá, Alto Purus e Alto Acre, todos independentes entre si e diretamente subordinados ao Governo da União. Cada um dos departamentos era administrado por um Intendente - cargo parecido com o de prefeito atual, só que nomeado pelo Presidente da República, até 1920.

No dia 28 de setembro de 1904, o Coronel Thaumaturgo, através do Decreto N° 4, autorizava a transferência da sede da Prefeitura para o Seringal Centro Brasileiro, à margem esquerda do Juruá, pois no antigo lugar faltava área suficiente para o desenvolvimento futuro da cidade, além do problema das inundações periódicas, resultantes das enchentes do rio. Na área do Centro Brasileiro, a geografia apresentava muitas colinas (terras livres de inundações), facilitando a implantação da futura cidade de Cruzeiro do Sul, atendendo, ainda, outras considerações de ordem administrativa e comercial. Não se sabe, exatamente, de quem foi a ideia de dar o nome à sede da prefeitura do Alto Juruá de Cruzeiro do Sul, mas a denominação é estabelecida no artigo 2° do Decreto e, com certeza, tem por inspiração a constelação do Cruzeiro do Sul.