Vista aérea do Porto de Natal - Foto: Portal da Copa-me (Licença-cc-by-sa-3.0)

Até o ano 1000, aproximadamente, a região do atual município de Natal era habitada por povos indígenas tapuias. Nessa época, a região foi invadida por povos tupis procedentes da Amazônia, os quais expulsaram os tapuias para o interior do continente. No século XVI, a região era habitada por um desses povos tupis, os potiguaras. Praça André de Albuquerque. Este foi o local onde, segundo historiadores, foi celebrada uma missa após a fundação de Natal.

A história da Capitania do Rio Grande do Norte teve início a partir de 1535, com a chegada de uma frota comandada por Aires da Cunha, a serviço do donatário João de Barros e do Rei de Portugal. O objetivo era colonizar as terras da região, tarefa esta dificultada pela forte resistência dos indígenas potiguaras e dos piratas franceses que traficavam pau-brasil. Estava iniciada a trajetória histórica da área situada na esquina da América do Sul.

Mais tarde, em 25 de dezembro de 1597, uma nova esquadra comandada por Manuel Mascarenhas Homem e Jerônimo de Albuquerque entrava na barra do Rio Potengi. A primeira providência adotada pelos expedicionários foi tomar precauções contra os ataques indígenas e dos corsários franceses. Doze dias depois da chegada, no dia 6 de janeiro de 1598, começaram a construção de um forte sobre os arrecifes situados nas redondezas da chamada Boca da Barra.

A edificação foi chamada de Fortaleza da Barra do Rio Grande e foi concluída no dia 24 de junho do mesmo ano. Nas circunvizinhanças, logo se formou um povoado que, segundo alguns historiadores, foi chamado de 'Cidade dos Reis'. Tempos depois, o povoado mudou de nome, passando a se chamar 'Cidade do Natal'.

Após a expulsão dos franceses e a construção de uma fortaleza, ainda restava fundar uma cidade. Devido à destruição de documentos por holandeses, a história de fundação da capital potiguar foi perdida. Há uma luta entre historiadores potiguares para reconstituir esse acontecimento, porém ela tem gerado controvérsias no que se refere aos tempos. Por isso, não se sabe ao certo quem fundou Natal. Uma das versões afirma que ela foi fundada após Manuel Mascarenhas Homem ter designado Jerônimo de Albuquerque como comandante da fortaleza, que depois seguiria à Bahia para prestar contas da missão desempenhada.

Avanços de pesquisas já comprovaram que Mascarenhas não designou Jerônimo para poder exercer a função de capitão-mor do Rio Grande e que ele não se encontrava presente na data da fundação da cidade, não podendo, portanto, ser considerado como fundador de Natal. Porém, sabe-se que a data de fundação da cidade é 25 de dezembro de 1599. Outra hipótese ainda afirma que Natal foi fundada por João Rodrigues Colaço, e depois da fundação teria sido celebrada uma missa no local que corresponde à atual Praça André de Albuquerque.