Carta náutica impressa em Paris - 1852
Muitas controvérsias marcam o descobrimento de Fernando de Noronha. O mapa de cantino, enviado em novembro de 1502 a Ercole d'Este, Duque de Ferrara, já indica o arquipélago como Ilha da Quaresma. Isto faz supor que o conhecimento da existência da ilha só poderia advir de expedições que por ela passaram em 1500, 1501 ou 1502, no tempo da quaresma. O Visconde de Santarém atribuiu a descoberta a Gaspar de Lemos, o comandante da nau de provisões da armada de Cabral, enviada de volta a Portugal em 1500 com a notícia de que fora achada a terra de Santa Cruz. A nau certamente não cruzou a região no período da quaresma, mas, depois de bordejar a costa brasileira cortando pau-brasil, poderia ter avistado o arquipélago a 24 de junho, justamente no dia de São João, cujo nome teria dado a ilha.

Brasão de Fernão de Loronha - Sec XV-XVI
Duarte Leite, após longa pesquisa, imputou a descoberta da ilha à expedição de 1501-1502, cujo comando atribuiu errôneamente a Fernão de Loronha. Para Jaime Cortesão, historiador português, nos anos de 1502-1503 teria vindo ao Brasil uma desconhecida expedição, mas da qual existem seguros vestígios. Ela explicaria questões relacionadas à citação da ilha em cartas geográficas do período. No comando da expedição estaria Fernão de Loronha, que em pessoa, iniciava o desbravamento da terra que arrendara para a exploração do pau-brasil. No curso desta viagem, teria descoberto Fernando de Noronha.

Opiniões divergentes à parte, o certo é que o primeiro a descrevê-la foi Américo Vespucci, ao participar da expedição de Gonçalo Coelho (1503-1504). Por decreto de 16 de fevereiro de 1504, D. Manuel I doou a Fernão de Loronha o arquipélago, sendo a primeira capitania hereditária do Brasil. O sistema só seria implantado no continente entre 1534 e 1536, quando D. João III criou nada menos que quatorze, ao longo da costa, distribuídas a doze donatários. Os descendentes de Loronha foram recebendo por decreto real o título de posse da ilha até o último, seu trineto, João Pereira Pestana em 1692.

Em 1534 o arquipélago de Fernando de Noronha foi invadido por ingleses; em 1556 até 1612, por franceses. No ano de 1612 aportou o missionário capuchinho Cláudio de Abbeville, que encontrou no local um português e dezessete índios de ambos os sexos, todos desterrados pelos moradores de Pernambuco.

Retomada da ilha em 1629
Em 1628, Noronha foi invadida pelos holandeses, desalojados dois anos depois pela expedição comandada por Rui Calaza Borges a mando de Mathias de Albuquerque em 14 de janeiro de 1630. Em nova investida, em 1635, os holandeses voltam a ocupar a ilha, sob o comando do almirante Cornelis Cornelizoon Jol, permanecendo por dezenove anos. Neste período, a ilha foi usada pelos holandeses como local de tratamento e convalescença de seus homens devido a doenças como o escorbuto e pela disenteria sanguínea, que atingiram um terço da tropa estacionada em Pernambuco. A ilha passa a chamar-se Pavônia, em homenagem a Michiel de Pauw, um dos diretores da Companhia das Índias Ocidentais. Em 1646 os holandeses constroem um fortim na elevação onde mais tarde seria erguido o Forte de Nossa Senhora dos Remédios.

Em 1696, carta régia de 7 de setembro, manda povoar, guarnecer a ilha com um destacamento, escolher os melhores locais para fortificar, para evitar as constantes invasões. Essa resolução não foi cumprida, continuando o território atlântico a mercê dos invasores.

Em 24 de setembro de 1700 a capitania de Fernando de Noronha reverte à coroa, tornando-se por carta régia, dependência da Capitania de Pernambuco. Achando-se despovoada e em completo abandono, foi a ilha ocupada em 1736 pelos franceses da Companhia Francesa das Índias Orientais, passando-se a chamar Isle Dauphine.

No ano de 1737 o arquipélago foi definitivamente ocupado pelos portugueses, sendo os franceses expulsos por uma expedição vinda do Recife a mando do governador Henrique Luís Pereira Freire e comandada pelo tenente-coronel João Lobo de Lacerda, à frente de 250 praças, sem nehuma resistência. A fim de impedir novas investidas dos franceses, são construídos os fortes de Nossa Senhora dos Remédios, Nossa Senhora da Conceição e Santo Antônio.

A igreja de N.S. dos Remédios, marco da nova povoação, foi concluída em 1772. Provavelmente nesta época, começaram a ser enviados para a ilha os primeiros presos, embora de forma ocasional. Essa destinação gerou medidas preventivas que vieram a alterar, profundamente, o meio ambiente insular, tanto com a destruição de grande parte de sua cobertura vegetal, derrubando-se árvores para evitar fugas e esconderijos de presos, como a introdução de espécies estranhas ao local, causando modificações de consequências visíveis até os nossos dias.

Em 1739 são construídos os fortes de São João Batista dos Dois Irmãos e São Joaquim do Sueste. Em 1755 por carta régia de 16 de agosto, Angola passou a contribuir com a quantia anual de 4.000$000, para cobrir as despesas do presídio de Fernando de Noronha, subsídio esse que durou até a véspera da proclamação da independência do Brasil. Em 1789, o governo português pretendeu instalar uma colônia agrícola na ilha, visando torná-la menos dispendiosa aos cofres reais, idéia essa que não foi aceita pelo então governador de Pernambuco D.Thomás José de Melo.

Em 1817, por ocasião da revolução republicana de Pernambuco, o governo provisório nomeou o capitão José de Barros Falcão de Lacerda para desmantelar as fortificações da ilha e levar de volta o destacamento e os sentenciados. Em 1822, assume o comando de Fernando de Noronha o coronel Luís de Moura Accioli. A ilha continua a ser dependência de Pernambuco, passando seus assuntos internos para o âmbito do Ministério da Guerra. Em 1865 é promulgado o regulamento para o presídio e em 1877 é transferida a administração e o custeio para o Ministério da Justiça. Em 1885 o imperador Pedro II assina decreto aprovando novo regulamento para o presídio.

Proclamada a república, convidado para ministro da justiça, o Barão de Lucena, exigiu uma condição para aceitar o cargo : que Fernando de Noronha voltasse ao domínio de Pernambuco. Assim sendo, em 1891 foi concretizada a restituição, na forma do decreto 1.371 de 14 de novembro.

Em 1897 o governo do Estado de Pernambuco toma posse definitiva do presídio de Fernando de Noronha, que passa a ser prisão estadual, permanecendo o arquipélago sob domínio pernambucano até o ano de 1938, quando foi vendido ao Ministério da Justiça, tendo o governo federal pago a título de compensação a quantia de Cr$ 2.000.000,00, transformando a ilha em presídio político e colônia correcional.

No começo do século XX, instalaram-se os ingleses para cooperação técnica em telegrafia (South American Company); depois vieram os franceses do cabo Francês e os italianos da Italcable. Em 1942, em plena 2a. guerra mundial, transformou-se em Território Federal, sendo os presos políticos e comuns transferidos para o presídio da ilha grande.

Em 1943, decreto federal dispõe sobre a administração da nova unidade da federação, que ficou a cargo do então Ministério da Guerra. Em 23 de agosto, assume o cargo o primeiro governador do Território Federal de Fernando de Noronha, o coronel Tristão de Alencar Araripe. Noronha foi administrada pelo Exército até 1981, pela Aeronáutica até 1986 e pelo Estado Maior das Forças Armadas até 1987. Deste tempo de administração militar, veio grande parte da infra-estrutura como aeroporto, estradas, escola, hospital etc. Acordos entre o governo brasileiro e os Estados Unidos foram feitos para a instalação de americanos no arquipélago de 1942 a 1945 (segunda guerra mundial) e de 1957 a 1962 (base de rastreamento de satélites), operada pela NASA.

Em 1987 começa a administração civil, através do Ministério do Interior, sendo o único governo civil que o território conheceu, durando até 1988 quando por dispositivo constitucional o arquipélago foi reanexado ao Estado de Pernambuco. Agora como Distrito Estadual, tem seu destino gerido por um Administrador Geral, nomeado pelo Governador do Estado e referendado pela Assembléia Legislativa de PE. Hoje Fernando de Noronha vive da exploração racional do turismo, dentro das limitações impostas pelo seu delicado ecossistema e da atividade pesqueira, esta em caráter artesanal e voltada para o consumo interno.

Além do interesse histórico mencionado anteriormente, o arquipélago foi alvo de atenção de vários cientistas que se dedicaram a estudar sua fauna, flora, geologia, geomorfologia, entre outros.Um dos primeiros trabalhos foi publicado há mais de 100 anos, por Pocock (1890). Posteriormente, Bjornberg (1954); Lopes e Alvarenga (1955); Almeida ( 1958); Paiva (1967) entre vários outros. Em dezembro de 1995, foi promulgada a lei orgânica do arquipélago, sua constituição, ocorrendo em março de 1996 a primeira eleição para o Conselho Distrital, o fórum de representatividade da comunidade local junto ao poder público.