O município de Japaratinga deve suas origens a uma colônia de pescadores, implantada no mesmo local onde hoje se ergue a sede municipal. Existiam apenas alguns barracos à beira da praia e ocupada uma parte das terras para o cultivo de alguns cereais.

Seu desenvolvimento somente alcançou expressão após o ano de 1800. Uma estrada que dava trânsito apenas para animais ligava a rodovia principal, hoje AL-101, até Porto de Pedras, passando por Japaratuba, topônimo primitivo de Japaratinga. Com o passar dos anos novas famílias adquiriram terras na região e dedicando-se a plantação de coco.

A igreja matriz foi erguida há mais de 300 anos pelos holandeses que residiam em Porto Calvo e continua até hoje conservada em seu estado original. Em 1935, existia um pequeno estaleiro onde eram construídos navios de pequeno porte para o transporte do côco.

Motivos políticos levaram os líderes locais a lutarem pela autonomia administrativa, liderados por José Jorge de Farias Sales, chefe político de Maragogi. Em 1960, através da Lei 2.264, o município foi desmembrado de Maragogi, mas sua instalação oficial só ocorreu em 30 de junho do mesmo ano.