Prefeitura de Kyoto - Foto: Tomomarusan (Licenca-cc-by-sa-3-0)

Apesar de existirem vestígios arqueológicos que datam a presença humana nas ilhas do Japão por volta de 10 000 a.C., a zona de Quioto só começou a ser habitada no século VII. Durante o século VIII, quando o clero budista se tornou influente junto do governo imperial, o imperador optou por colocar a capital numa região distante da influência budista. A nova cidade, Heian-Kyō ('capital de Heian') tornou-se o assento da corte imperial em 794.

Posteriormente, mudou-se o nome da cidade para Kyōtō (“cidade capital”). Quioto continuou a ser a capital do Japão até 1868, quando se deu a transferência do governo para Edo, a que posteriormente se alterou o nome para Tokyō (“capital leste”). Após Edo passar a ser conhecida por Tóquio, Quioto foi, por um curto período, conhecida por Saikyō (西京, 'Capital Oeste'). Note-se que a questão de qual é a capital em termos legais é ainda alvo de controvérsia.

Os Estados Unidos ponderaram alvejar Quioto com a bomba atómica, no que viria a ser o final da Segunda Guerra Mundial, mas, por fim, a cidade foi removida da lista de alvos. Quioto é a única grande cidade japonesa que ainda tem bastantes edifícios de construção anterior à guerra, como os machiya (casas tradicionais). Contudo, a modernização está a impor-se, destruindo a Quioto tradicional em favor de uma nova arquitectura, como o controverso complexo da Estação de Quioto. Em 1997 Quioto foi o local onde decorreu a conferência de onde resultou o Protocolo de Quioto sobre a emissão de gases produtores de efeito de estufa.