Rio Paraguai (principal rio que banha o municipio) - Foto: Jeronimo Freitas Rodrigues de Carvalho (Licença-cc-by-sa-3.0)

A fundação de Porto Murtinho está intimamente ligada com a Cia Matte Larangeira, responsável também pela fundação da cidade de Guaíra (Paraná). O Decreto Imperial nº 8799, de 9 de dezembro de 1882, autorizava a Larangeira a exploração da erva-mate nativa, por um período inicial de 10 anos, entretanto esse decreto não impede a exploração por parte dos moradores locais. Larangeira funda então a Empresa Matte Larangeira a partir desta concessão imperial. Thomaz Larangeira trouxe do sul do país fazendeiros que conheciam o manejo da erva-mate, também foram utilizadas a mão-de-obra de índios da região e de paraguaios, iniciando o ciclo de produção da erva-mate.

Com a proclamação da república a área de concessão é, sucessivamente, ampliada, sempre com o apoio de políticos influentes, como Joaquim Murtinho, Manuel José Murtinho e General Antônio Maria Coelho. Através do Decreto nº 520, de 23 de junho de 1890, são ampliados os limites de suas posses e consegue o monopólio na exploração da erva-mate em toda a região abrangida pelo arrendamento.

No início de 1892 os produtores de erva-mate do sul do Pantanal sentiram necessidade de criar um porto fluvial para centralizar o escoamento da produção. Depois de escolherem o local (a 50 km a montante do rio Apa, no rio Paraguai), a iniciativa do projeto, sob responsabilidade de Antônio Alves Corrêa, passou para a fazenda Três Barras, que teve 3600 hectares expropriados para integrar o povoado.

Em julho de 1892 a Companhia Matte Larangeira comprou a Fazenda Três Barras, de propriedade do marechal Boaventura da Mota, à margem esquerda do rio Paraguai, e construiu um porto para exportação de erva-mate cancheada. Esse porto foi nomeado de Porto Fluvial Murtinho pelo Superintendente do Banco Rio e Mato Grosso Antônio Corrêa da Costa, em homenagem a Joaquim Murtinho.

Cidade de Porto Murtinho e Território de Ponta Porã

Porto Murtinho foi elevado à condição de cidade com essa denominação pela Lei Estadual nº 962, de 12 de julho de 1926. Em 1943 fez parte do Território Federal de Ponta Porã, extinto em 1946. A empresa Matte Larangeira recebeu um prazo para a liquidação de seus negócios e seus edifícios foram todos leiloados, bem como todas as estalagens, oficinas, rebanhos e tropas. A empresa continuou operando a EF Porto Murtinho, transportando madeira (quebracho) da empresa até a usina da Floresta Brasileira S. A. para extração de tanino, até pelo menos 1958, existindo indicações (vagas) de que, em 1971, os trens ainda estariam em operação. Em 1982 a cidade foi atingida por uma grande enchente, problema este resolvido três anos depois com a construção de um dique de contenção.